El aire es uno de los principales factores que afectan a la calidad del silo. Cuanto mayor sea su nivel y presencia en el ensilado, peor será su conservación. La presencia de aire se puede deber a dos motivos, por un lado, que durante el proceso de pisado o prensado no se elimine la mayor cantidad de oxígeno posible, ya sea porque no fue excesivamente intenso el proceso, o porque el forraje fuera demasiado seco. Otro de los motivos es durante la preparación de la ración, en la extracción del silo para añadirlo. Como es el caso del uso de la pala tractora y no el de una fresadora. Las bacterias beneficiosas para el ensilaje necesitan la casi total ausencia de aire. Cuando ellas trabajan de manera correcta, el pH debe situarse entre lo más cercano posible a 3 y alejado de 4.5.

Otros de los factores que merma la calidad del silo es la entrada de tierra. El nivel de cenizas en analítica del ensilado es un indicador de la presencia excesiva o no de tierra. Así, en el caso de ensilados de hierba o alfalfa, donde el nivel de cenizas puede ser elevado por su proceso de recolección, puede dar lugar al crecimiento de clostridios que degradan la proteína del silo, generando un olor a amoniaco, o bien, generar un elevado nivel de butíricos que puede provocar problemas metabólicos en el animal.

La humedad del ensilado juega un papel fundamental en su conservación, silos por debajo del 25 por ciento de materia seca tienen dificultad para acidificar bien, por tanto, para presentar un pH bajo. Por el contrario, silos con más de un 40 por ciento de materia seca, suelen presentar presencia de oxígeno, además de un pH alto que no inhibe suficientemente el crecimiento de hongos y levaduras con su conocido efecto perjudicial.